La salinidad de las aguas oscila entre 42 0/00 y 47 0/00 frente a los 36-38 0/00 del Mediterráneo. A lo largo del año se encuentran valores algo mayores en Septiembre-Octubre y mínimos de Enero a Mayo. En términos generales, los valores muestran un ligero grandiante positivo de norte a sur y de la superficie al fondo
Las altas temperaturas y las esporádicas precipitaciones, junto con los intermitentes aportes de agua dulce, hacen que la laguna compense el nivel del agua con la entrada procedente del Mediterráneo, resultando que el Mar Menor se comporta como una cubeta de concentración. Son muy fáciles de detectar estas entradas de agua mediterránea en las bocas de las golas por su diferente temperatura y salinidad.